Es wird angenommen, dass Komplettauszüge wegen der sich ergänzenden oder „abrundenden“ Wirkung der einzelnen Bestandteile teilweise andere Wirkungen entfalten als die in der modernen Phytotherapie verwendeten Einzelauszüge. Auch toxische (giftige) Effekte werden durch die Wirkung der gesamten Pflanze möglicherweise ausgeglichen. Dennoch können auch Heilkräuter unerwünschte, teils sogar toxische Wirkungen haben.
- Deshalb dürfen manche Heilkräuter wie Huflattich oder Pestwurz nur zeitlich beschränkt angewendet werden.
- Andere Heilkräuter wie etwa Beinwell dürfen vorsichtshalber nur äußerlich verwendet werden (die im Beinwell enthaltenen Pyrrolizidinalkaloide schädigen in hohen Dosen die Leber und sind möglicherweise krebsbegünstigend).
- In der Schwangerschaft ist besondere Vorsicht geboten – verboten sind z. B. Teufelskralle und Besenginster.
- Schließlich lösen auch Heilpflanzen bei entsprechend empfänglichen Menschen allergische Reaktionen aus.
Vor Rückständen an Schwermetallen oder Pestiziden auf Heilkräutern wird immer wieder gewarnt, und wegen der unkontrollierten Anbaubedingungen sind besonders Importe aus China nicht selten belastet – zum Teil sogar mit synthetischen Arzneimitteln wie etwa Kortison. Die in hiesigen Apotheken und Reformhäusern angebotenen Heilkräuter gelten aber als sicher, ihre Anbaubedingungen sind meist zertifiziert und lassen sich so vom Verbraucher überprüfen. Die in Apotheken verkauften Heilkräuter entsprechen zudem den Reinheitsgeboten und Gehaltsvorschriften des Deutschen Arzneibuchs.