Die Geschlechtsidentität sagt aus, wer ein Mensch bezüglich des Geschlechts und des sexuellen Erlebens sein möchte, d.h. wie er/sie sich selbst sieht und von anderen Personen wahrgenommen werden will. Die Geschlechtsidentität (zuweilen auch missverständlich sexuelle Identität genannt) betrifft damit das Individuum im Ganzen und geht über die sexuelle Orientierung hinaus. Menschen, deren Geschlechtsidentität mit dem bei der Geburt zugewiesenen Geschlechts übereinstimmt, bezeichnet man als Cisgender.
Unterscheidet sich die Geschlechtsidentität eines Menschen von den körperlichen Geschlechtsmerkmalen bei seiner Geburt, wird von Geschlechtsinkongruenz gesprochen. Leidet ein Mensch unter dieser mangelnden Übereinstimmung, wird das heute als Geschlechtsdysphorie (engl. Gender Dysphoria) bezeichnet. Der früher für diesen Zustand angewandte Begriff "sexuelle Identitätsstörung" ist aufgrund seiner pathologisierenden und stigmatisierenden Tendenzen heute nicht mehr angebracht.
Transgender
Oberbegriff für Menschen mit Geschlechtsinkongruenz, d. h. für Personen, deren Geschlechtsidentität von demjenigen Geschlecht abweicht, das ihnen bei der Geburt aufgrund augenscheinlicher Geschlechtsmerkmale zugewiesen wurde. Dieser Zustand wird oft beschrieben als "Sich-in-seinem-Körper-nicht-zu-Hause-fühlen". Zu der Gruppe der Transgender gehören zum einen die Transsexuellen, wobei Transmänner biologische Frauen sind, die sich als Mann erleben und Transfrauen biologische Männer, die sich als Frau erleben. Menschen, die sich geschlechtsinkronguent fühlen, sich aber nicht klar auf eine Rolle festlegen wollen und auch keine bzw. wenige körperliche Veränderungen anstreben, gehören ebenfalls zu den Transgendern. Sie bezeichnen sich als genderqueer oder Bigender.
Transgender können, müssen aber keine geschlechtsangleichenden Maßnahmen wünschen. Ebenso variabel ist die sexuelle Orientierung, sämtliche sexuellen Vorlieben, die bei Cisgendern bekannt sind, gibt es auch bei Transgendern. Die Ursachen für die Entwicklung von Transidentitäten sind nicht bekannt. Die Annahme, dass Erziehung und Sozialisierung eine maßgebliche Rolle dabei spielen, konnte nicht verifiziert werden.
Die Vorliebe, Kleidung des anderen Geschlechts zu tragen, nennt man Transvestitismus. Dabei besteht jedoch nicht der Wunsch nach dauerhafter Geschlechtsumwandlung. Ein Teil dieser Menschen liebt es einfach, zeitweise in die Rolle des anderen Geschlechts zu schlüpfen, ein anderer Teil findet den Kleiderwechsel auch sexuell erregend. Transvestitismus ist unabhängig von der sexuellen Orientierung und kommt sowohl bei Heterosexuellen als auch bei Homosexuellen vor. Unter Insidern wird dieses Verkleiden auch Cross-Dressing genannt, weil die Bezeichnung Transvestit aus ihrer Sicht mit negativen Vorurteilen besetzt ist.